Nacido en Lima en 1972.
MBA de la Escuela de Negocios Booth, de la Universidad de Chicago (EE. UU.) y Bachiller en ingeniería industrial en la Universidad de Lima (Perú). Tiene experiencia en el sector público y privado. Actualmente, se desempeña como CEO de la Corporación Educativa San Ignacio de Loyola (USIL), con operaciones en Perú, Paraguay y los Estados Unidos (Florida).
Adicionalmente, es presidente del Consejo Directivo de la Federación de Instituciones Privadas de Educación Superior – FIPES; presidente del Comité de Educación de CONFIEP, y miembro de su Directorio; Miembro del Directorio de la Red de Asociaciones Latinoamericanas y Caribeñas de Universidades Privadas – REALCUP; presidente de la Asociación de Graduados de la Universidad de Chicago Booth en Perú; y miembro del Directorio de Junior Achievement Perú.
Juan Manuel Ostoja es descendiente de Juan Ostoja Brasich, fundador de la Sociedad Slava de Beneficencia en el año 1906. Después de 115 años de vida institucional, la sociedad sigue activa en el Perú bajo el nombre actual de Asociación Croata Dubrovnik, que permite que la comunidad croata en el Perú continúe agrupada y vinculada a los valores, principios y cultura croata.